Ze všech významných křivoklátských vězňů strávil v hradním žaláři nejdelší čas biskup Jednoty bratrské Jan Augusta. Jako jeden z domnělých strůjců protihabsburského povstání v roce 1547 tady Augusta pobyl dlouhých 16 let, od roku 1548 do roku 1564. Spolu s ním byl na Křivoklátě uvězněn i jeho pobočník Jakub Bílek. Ten tu strávil 13 let, ze své vůle však na Křivoklátě setrval až do Augustova propuštění. Soucitnou zastánkyni našli věznění bratři v krásné Filipíně Welserové, tajné manželce arciknížete Ferdinanda Tyrolského, která v té době na Křivoklátě žila. Její přímluvou Augusta a Bílek, věznění v oddělených celách, společně strávili Velikonoce v roce 1561. Bylo to jejich první setkání po osmi letech.

První týdny na Křivoklátě byly pro Jana Augustu a Jakuba Bílka kruté. Před cestou na Křivoklát totiž oba podstoupili v Praze surové mučení a teprve po dvou týdnech, které v „přetěžkých bolestech“ proleželi na troše slámy nahrazující lůžko, se jim dostalo lékařského ošetření.

Žaláře Jana Augusty i Jakuba Bílka se nacházejí v přízemí jižního křídla horního hradu. V Augustově cele je dnes vystaven lovecký vůz císaře Karla VI., v Bílkově žaláři, tzv. prostřední cele, se nachází část expozice mučicích nástrojů. V hradním muzeu si můžete prohlédnout známé plátno malíře Alfreda Seiferta zobrazující návštěvu Filipíny Welserové v žaláři Jana Augusty.